1、本草生物学：招收博士、硕士研究生，学制3年。培养目标：应掌握包括中国传统药物学及本草文献学等学科领域坚实宽广的基础理论知识，掌握与研究方向一致的系统深入的专门知识和技能，熟练掌握一门外国语；具有独立从事该学科学术研究工作的能力，做出创造性的成果。成为在科研机构、高等院校、企事业单位及药监管理行政部门等，从事中药和民族药的教学、科研、药品研发、注册、检验、生产、贸易、使用、监督、行业规划以及本草文献研究与编史等工作的高级专门人才，满足市场人才需求和学科建设需要
2、生药学：招收硕士研究生，学制3年。培养目标：是以生药（药材）、饮片、提取物、成药为研究对象，以现代色谱、光谱等分析技术和生物形态解剖、分子生物学、系统生物学等技术为手段，培养掌握生药及其制品的真伪优劣鉴定和质量评控技术，能制定质量标准，评价中草药的药效、安全及均一性型人才。山西大学生药学硕士点是山西省目前唯一具有的生药学硕士学位授权点，是在山西大学化学、生命科学一级博士点和化学生物学与分子工程教育部重点实验室的基础平台上，发展起来的药学二级学科，形成了“生药质量控制技术与资源开发利用”、“中药有效成分的分离鉴定与生物转化”和“方剂药效物质基础及制剂现代化研究”三个明确的研究方向。
3、药物化学：招收硕士研究生，学制3年。培养目标：利用现代分离提取技术，以活性为导向对中草药活性成分或指标成分进行提取、分离与结构鉴定，开展成药性评价。旨在培养探索中草药的药用物质基础，开发新天然药物的开发型人才。
4、制药工程：招收工程硕士研究生，学制2年。培养目标：以掌握所从事制药工程领域的坚实的基础理论和深入的专业知识，掌握解决工程问题的先进技术和现代技术手段。具有创新意识和独立担负工程技术和工程管理工作的能力，具有生物学、化学以及化工的基础知识，具备药物研究开发的能力和技能、药物生产工艺和制药设备的研究、开发和管理、药物分析技术和药物质量控制等能力的人才。
