中心下设5个部门，包括党支部、科研部、行政部、教学部、人事部。
党支部
1．宣传和执行党的路线、方针、政策，宣传和执行党中央、上级组织和本组织的决议、决定，融入中心，服务大局，团结、组织党员和群众努力完成本单位所担负的任务，促进企业持续稳定健康向前发展。
2．加强党支部的思想建设、组织建设、作风建设和制度建设，严格党的组织生活，提高党员素质，增强党性观念，充分发挥党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。
3．组织党员认真学习马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观，学习党的路线、方针、政策及决议，学习党的基本知识，学习科学、文化和业务知识。
4．加强党风和廉政建设，对党员进行教育、管理和监督，开展批评和自我批评，维护和执行党的纪律，监督党员切实履行义务，保障党员的权利不受侵犯。
5．充分发挥党员和群众的积极性、创造性，鼓励和支持他们立足本职、爱岗敬业，在企业转型发展中贡献自己的聪明才智；做好群众的思想政治工作，密切联系群众，经常了解群众对党员、党的工作的意见和建议，维护群众的正当权益。
6．做好发展党员工作，对要求入党的积极分子进行教育和培养，注重把业务技术骨干培养成为党员，把党员培养成为业务技术骨干。
7．处理好党支部日常工作，按期向党支部党员大会和上级党组织报告工作。
8．协助上级党组织履行好其他职责。
科研部
1.负责科研管理，包括日常科研工作，科研管理制度的建设和团队建设；
2.负责制定中心仪器室的管理制度并督查；
3.负责科研基地（团队、工程中心）管理；
4.负责实验室管理制度的制定和督查，包括安全管理制度，卫生管理制度，仪器管理制度，危险化学品管理制度，菌毒种管理制度，废弃物管理制度，档案管理制度，实验记录管理制度，专业实验室管理制度，各实验室卫生值日及仪器设备管理安排。
5.负责中心项目的开发；药材基地的开发；医院外联和制药企业的外联。
行政部
1.负责中心财务管理制度的制定、宣传、对财务往来进行监督，确保中心资金的顺利运转；
2.负责中心安全管理制度的制定、宣传和督查；
3.负责学校综合管理部门与中心的联系，负责中心日常工作的信息采集和编写；
4.负责中心图书的借阅制度的制定和督查；
5.负责中心网站的日常管理维护；
6.负责实验室管理制度的建立和更新。
教学部
1.负责研究生院相关工作，包括教师申报导师资格，学位点的评估与申请，根据各专业博士、硕士研究生入学的初试与复试的要求，组织相关教师出题与评卷；
2.负责博士和硕士研究生的招生和培养，并制定学业奖学金评审细则；
3.组织学生和教师申报创新中心组织的教育改革项目与研究生教育创新项目申报；
4.负责振东制药研究生教育创新中心的总结、答辩、通勤等工作；
5.负责教学秘书工作，包括学位课程教务管理，实验实习与实践安排管理，科研教学督导检查和考务及成绩管理。
人事部
1.负责普通人才和高层次人才的引进与管理；
2.负责科研任务分解、年终评优标准和教师审稿制度的制定；
3.负责校内报告的组织、宣传；负责中心seminar细则的制定、组织。
4.负责制定中心师生参加校外活动的规章制度，及时传达会议通知，组织中心师生参加会议，包括：敦促会议摘要的撰写、poster制作、会议注册、车票和住宿预订；协助师生办理赴国外参加会议的相关手续，并与计财处联系，协助办理预算审批手续。